โรงเรียนไม้แก่นประชาอุทิศ เป็นโรงเรียนซึ่งสภาตำบลและโรงเรียนจะนะชนูปถัมภ์ ร่วมกันแก้ปัญหาโรงเรียนไกลบ้านและส่งเสริมให้เยาวชนในท้องถิ่นได้ศึกษาต่อมากขึ้น โดยปี พ.ศ. ๒๕๓๔ นายเชาว์ เพ็ญสมบูรณ์ อาจารย์ใหญ่โรงเรียนจะนะชนูปถัมภ์ (สมัยนั้น ) เข้าร่วมประชุมกับสภาตำบลสะพานไม้แก่น เพื่อดำเนินการจัดตั้งโรงเรียนสาขา

  ต่อมากรมสามัญศึกษาได้มีหนังสือที่ ศธ ๐๘๐๖ /๒๕๓๔  ลงวันที่  ๕  กุมภาพันธ์  ๒๕๓๔ ประกาศตั้งโรงเรียนสาขาจะนะชนูปถัมภ์ขึ้น โดยใช้วัดสะพานไม้แก่นเป็นสถานที่เรียน และมีนายสมจิตร  ชนะกุล  ผู้ช่วยผู้อำนวยการโรงเรียนจะนะชนูปถัมภ์เป็นผู้ดูแลจัดการเรียน – การสอนมีคณะครูโรงเรียนจะนะชนูปถัมภ์ช่วยสอน ๕ ท่านและมีนักเรียนทั้งสิ้น  ๗๔   คน  เปิดทำการสอนในวันที่ ๑๘  พฤษภาคม  ๒๕๓๕

หลังจากนั้นกระทรวงศึกษาธิการกำหนดให้โรงเรียนสาขาจะนะชนูปถัมภ์ เป็นโรงเรียนในโครงการขยายโอกาสทางการศึกษา   ไม่ต้องเรียกเก็บเงินบำรุงการศึกษา จากนักเรียนเมื่อวันที่ ๒๖  กุมภาพันธ์    ๒๕๓๕ และโรงเรียนได้แยกสาขาออกจากโรงเรียนจะนะชนูปถัมภ์และตั้งชื่อว่า“โรงเรียนไม้แก่นประชาอุทิศ”  นับเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาโรงเรียนที่ ๓  สังกัดกรมสามัญศึกษาของอำเภอจะนะ  จังหวัดสงขลา

ปัจจุบันโรงเรียนไม้แก่นประชาอุทิศ ย้ายจากวัดสะพานไม้แก่นมาอยู่ที่ที่บริจาค ณ  ที่สาธารณประโยชน์ของสภาตำบลบริเวณเส้นทางบ้านสะพานไม้แก่น – บ้านแซะ (อ.เทพา)

ในระหว่าง วันที่   ๑   กุมภาพันธ์   ๒๕๓๙  ถึง  ๖   ธันวาคม  ๒๕๔๓  นายมนูญ  แป้นเจริญ                     ได้มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่  ท่านเป็นผู้มีวิสัยทัศน์กว้างไกล   ได้ปรับพื้นที่ สิ่งแวดล้อมให้ร่มรื่นและดูโดดเด่น ประสานสัมพันธ์กับชุมชน  โดยจัดให้มีกิจกรรมของชุมชนอยู่เสมอ

ในปีการศึกษา ๒๕๔๓  โรงเรียนไม้แก่นประชาอุทิศ ได้เริ่มเปิดสอนนักเรียนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนปลายเป็นปีแรก  โดยเปิดแผนศิลป์ – ภาษา

ในวันที่  ๗   ธันวาคม  ๒๕๔๓  นางวลัย  ธนานุสนธิ์  มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนไม้แก่นประชาอุทิศ   ท่านมีนโยบายด้านการเรียนการสอนที่กว้างไกล  มีวิธีการสอนที่หลากหลาย  ส่งเสริมการเรียนการสอนแบบบล็อก   เน้นการสอนแบบบูรณาการ   ประสานชุมชนอย่างแท้จริง

ในวันที่   ๒๑  มกราคม  ๒๕๔๖  นายอุเทน จิตต์สำรวย  มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียน

ไม้แก่นประชาอุทิศ   ได้นำครู – อาจารย์และนักเรียนไปสู่การปฏิรูปการศึกษาตามแนวทางของสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสงขลา เขต ๓  และมีการพัฒนาบุคลากรทางการศึกษาให้มีประสิทธิภาพ

ในวันที่   ๒๕  พฤศจิกายน   ๒๕๔๗  นายเปรมเวช   กิจนุรักษ์   มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่โรงเรียนไม้แก่นประชาอุทิศ และได้ดำเนินการจัดการศึกษานอกระบบโรงเรียนตามโครงการ ม.ช. ให้โอกาส  มีคณะกรรมการการดำเนินการ  จำนวน ๕  คน  คือ

นายเปรมเวช     กิจนุรักษ์         ผู้อำนวยการโรงเรียนไม้แก่นประชาอุทิศ

นางสุณิสา        บัวขาว            หัวหน้าโครงการ

นางมยุรี          วงศ์เบี้ยสัจจ์      กรรมการ

นางสุใหวเร๊าะ   ไชยยอด           กรรมการ

นางสาวชลธิชา  เส็ง                กรรมการ

นางสาวเครือวัลย์  สมมารถ        กรรมการ

ในวันที่ ๒๕  กุมภาพันธ์  ๒๕๕๔  นายสุชาติ  ชาติวัฒนา  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

ไม้แก่นประชาอุทิศ  ได้นำครู – อาจารย์และนักเรียนไปสู่การปฏิรูปการศึกษาที่มีประสิทธิภาพ

ในวันที่ ๑ เมษายน  พ.ศ. ๒๕๕๕ นายสุริยา  สัมภาวนะ มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

ไม้แก่นประชาอุทิศจนถึงวันที่ ๑๔  สิงหาคม  ๒๕๕๖

ในวันที่ ๑๕  สิงหาคม  ๒๕๕๖  นายสุชาติ  ชาติวัฒนา  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน

ไม้แก่นประชาอุทิศ จนถึงวันที่ ๑๕  พฤศจิกายน  ๒๕๕๖

ในวันที่ ๑๕  พฤศจิกายน ๒๕๕๖ – ปัจจุบัน  นายสมโชค  สิงห์เกลี้ยง  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนไม้แก่นประชาอุทิศ